با توجه به تعیین اهداف، راه کنش ها و راهبردهای دانشگاه در سند تحول و تعالی دانشگاه آزاد اسلامی در راستای توسعه علم و فناوری، معاونت فناوری و نوآوری با تاکید بر سه مقوله علم (دانستن حقایق)، فناوری (به کارگیری علم برای حل یک مسئله) و نوآوری (اختراع یا ترکیب چند فناوری برای دسترسی به روش، مدل یا محصولی که پیش از این وجود نداشته) در دانشگاه آزاد اسلامی تشکیل گردیده است. این تعاریف، مرز‌های بین علم، فناوری و نوآوری را مشخص می‌کنند، فناوری در دل علم تعریف می‌شود، به عنوان مثال دانش ما حرکت چرخ‌های آسیاب بادی و مسئله، نحوه گرفتن انرژی از آب برای تبدیل به برق است که باید برای رسیدن به آن، کاری روی علم انجام گیرد، اما محصولاتی مثل موبایل یا اینترنت و فضای مجازی ترکیب چند نوع فناوری برای خلق موضوعی جدید است که به آن نوآوری می‌گوییم. بعبارت دیگر، داشتن علم ارزش است، فناوری نیاز امروز و نوآوری، آینده‌ساز و نیاز فردا را حل می‌کند. بنابراین علم، فناوری و نوآوری سه مقوله جدا از هم هستند که هر کدام به پژوهش و آموزش‌های خاص خود نیاز دارند. معاونت فناوری و نوآوری واحد علوم و تحقیقات با نگاه توسعه فرهنگ کارآفرینی و ایجاد فضای کسب و کار برای دانشجویان و فارغ‌التحصیلان دانشگاهی نسبت به توسعه اکوسیستم و زیست‌بوم های فناوری و نوآوری اقدام نموده است تا در قالب کسب‌وکارهایی که نیاز جامعه را برطرف می‌کنند، شرکت‌هایی را ایجاد کنند. بعبارت دیگر با ترویج و توسعه فرهنگ کارآفرینی در قالب حوزه‌های شرکتی و استارتاپی، فناوری ها و نوآوری ها را تبدیل به کسب‌وکارهای نوپا، محصولات دانش بنیان و درآمدزا خواهد کرد.